医药创新的目的是改善国民健康。从创新产出来看，中国在多个创新指标上，包括发表在生命科学高质量期刊上的文章数量、医药获批专利数量、进入临床阶段的创新药分子个数及在研新分子实体化合物数量均有很快的增长。而且医药创新全球化程度不断提高。
从全球主要医药研发国家来看，都有顶层设计来指导医药行业的发展和创新。以美国为代表的传统科技医药强国，发展重心集中于如何优化监管流程和政策环境使本国创新能尽快进入市场造福患者并创造价值。日本、韩国和以色列等后发国家，除了促进本国创新外，还着眼降低政策壁垒，通过国际化策略使国民能尽快使用到全球最新药品以及让国内产品走向国际市场。
中国医药(600056,股吧)企业管理协会、中国化学(601117,股吧)制药工业协会、中国医药保健品进出口商会、中国外商投资企业协会药品研制和开发行业委员会经过调研认为，在顶层设计的制定过程中，要形成可行的鼓励创新的政策。
财税优惠政策仍显不足
中国有“重大新药创制项目”这种国家驱动的针对医药创新的项目，但缺少针对医药研发投入的财税优惠政策。国家对研发投入虽有加计扣除的鼓励政策，但在具体执行上存在挑战，使得很多主要的研发型药企只有不足一半的研发费用可以享受优惠，对于很多财务制度尚不健全的中小企业影响更大。
具体而言，国家规定500万元以下的生物医药新品种的技术转让不征税，但没明确什么是“生物医药新品种”。地方税务局的解读是获得生产批件的新药。这并不符合目前研发技术转让的规律。新药在临床前，一期、二期、三期等都可以进行技术转让。技术转让的征税优惠政策有待明确。
对于医药企业尤其生物制药创新型企业会有大量的境外委托服务，企业需在付给境外服务机构的服务费用之外，向税务局缴纳6％的服务类增值税。虽然企业在产品上市销售后可以在销项税中抵扣，但由于药品的研发周期通常长达10年以上，事实上造成了企业资金的占用。创新型企业需要投入大量的资金购买进口设备，目前大部分进口设备需要缴纳6％－8％的关税及17％的进口增值税，相当于会给企业额外增加20％以上的成本。
医药研发的长周期 （长达10年）导致初期投入无法进行所得税抵扣（5年年限），创新型企业的产品从研发立项到上市产生盈利一般会在10年以上，意味着创新型企业在产品上市销售前可能有10年的亏损期。国家企业所得税规定，亏损的弥补期为5年，造成事实上没有享受国家高新技术产业的税收福利。企业要承担和其它制造业一样的17％的增值税，不利于创新型企业获取更多利润投入到创新研发中。
降税激发企业研发热情
政策环境是生态系统中的核心要素。鼓励创新的政策能够保证市场机制良好运转，推动资本和能力源源不断地把科技转化为创新产品。在这样的背景下，上述四家医药行业协会对医药创新的财税政策提出如下建议。
在扩大和明确研发费用的加计扣除范围时，对于如何判断合理研发费用给出清晰的指导细则。比如考虑将科研用固定资产、药品上市后的研发费用、用于研发人员的相关支出等更多费用列入抵扣适用范围。可以考虑提高中小企业研发费用加计扣除比例以进一步鼓励创新。
在降低医药创新企业增值税时，具体优惠条件可对照软件行业，如征收最高不超过企业营业收入3％的增值税，并对用于临床试验的进口药品免征增值税。并且进一步研究和制定对创新企业和创新产品的评定标准和操作细则。通过这一举措可以鼓励医药企业从创新中获益，激发企业研发热情，优化产业发展。创新型企业有时会将一部分研发活动委托给境外服务机构完成，企业付给境外服务机构的服务费的增值税，可以考虑一定范围内给予免除。
创新型企业购买进口设备支付的关税及进口增值税，目前只有部分企业能享受到关税和增值税减免，需要进一步扩大免除关税及进口增值税的范围。可以考虑到医药创新长周期的特点，将企业所得税抵扣期扩大至15年。
同时完善鼓励技术交易的税收政策，在现有技术转让税收优惠政策的基础上，进一步明确受惠技术的范围，从而让处于研发不同阶段的技术转让也可以受益。
