《方案》要求，自2016年1月1日起，排放控制区内有条件的港口，可以实施高于现行排放控制要求的措施，包括船舶靠岸停泊期间使用硫含量不高于0.5%的燃油。自2017年起，船舶在排放控制区内的核心港口区域靠岸停泊期间（靠港后的一小时和离港前的一小时除外），应使用硫含量不高于0.5%的燃油。2018年起，这一要求扩大至排放控制区内所有港口内靠岸停泊的船舶；2019年起扩大至进入排放控制区的所有船舶。船舶可采取连接岸电、使用清洁能源、尾气后处理等替代措施。
2019年12月31日前，我国将在评估实施效果的基础上，进一步确定更为严格的控制措施，包括船舶进入排放控制区使用硫含量不高于0.1%的燃油、扩大排放控制区地理范围等。经初步测算，到2020年，三大水域船舶硫氧化物和颗粒物将比2015年分别下降约65%和30%。
《方案》鼓励排放控制区内核心港口区域先行先试。其中，珠三角水域船舶排放控制区核心港口区域为深圳、广州、珠海港，长三角水域为上海、宁波舟山、苏州、南通港，环渤海（京津冀）水域为天津、秦皇岛、唐山、黄骅港。
《方案》提出，各级交通运输主管部门应积极协调国家有关部门和地方政府出台相关激励政策和配套措施，对船舶使用低硫燃油、岸电，船舶改造升级和应用清洁能源等实施资金补贴、便利运输等优惠措施。
